群体遗传相关分析

传统畜牧群体遗传研究靠表型统计与少量分子标记，数据维度有限，难以解析精细遗传结构（如亚群分化、基因交流模式）。早期分子标记如RAPD存在重复性差、多态性低等问题，在大规模群体研究中易产生偏差，无法有效支撑种畜群体遗传改良。

博瑞迪依托液相芯片及重测序技术，实现全基因组范围内数万至数千万高质量SNP位点的精准分型，并结合表型开展关联分析，全面覆盖种畜群体遗传变异，精准解析遗传多样性、群体结构及选择信号。为地方品种资源保护与核心群优化、商业品种选育规划与遗传改良，提供可靠的数据支撑与科学决策依据。

应用方向

地方品种资源保护：解析地方种质资源群体遗传多样性、计算近交系数及有效群体大小，科学规划核心群选留与选配方案，有效避免遗传漂变和近交衰退，保障地方特色基因资源的长久安全。
群体选择信号分析：基于Fst、XP-CLR等方法识别受选择基因组区域，挖掘与重要经济性状相关的受选择位点，辅助育种决策。
遗传资源评估：系统评估地方品种、引进品种及培育品系遗传价值，为种质资源保护、开发与利用提供数据支撑。

博瑞迪优势

全基因组覆盖：基于百万级高质量 SNP位点，精准解析群体遗传结构。
选择信号深度挖掘：结合群体基因型数据，高效挖掘与经济性状相关的选择信号，助力育种机制解析与定向改良。
动态化保种：基于群体遗传多样性数据（如近交系数、有效群体大小、亲缘关系），预测选留、选配方案效果，预测其长期遗传进展和近交风险，从而辅助您制定最优育种规划，显著降低试错成本，提升育种效率。

技术策略

选样策略：
测序策略：全基因组重测序建议测序深度≥10X/个体液相芯片建议5K以上标记密度。
分析流程：
群体选择分析

1. 数据质控：过滤低质量 SNP 位点，去除检出率低的样本，保障数据可靠性。

2. 遗传多样性评估：计算观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）、等核心指标，量化群体遗传多样性水平。

3. 群体遗传结构分析：基于质控后标记，通过主成分分析（PCA）、群体遗传结构分析与亲缘关系矩阵等分析，明确群体遗传分化程度，排除遗传混杂个体，确保对比组遗传背景一致性。

4. 选择信号挖掘：结合Fst、π、Tajima's D、XP-CLR 等多种统计方法，在全基因组范围内扫描受到强烈选择的区域，定位目标性状的候选基因。

保种分析

1. 数据质控：过滤低质量 SNP 位点，去除检出率低的样本，保障数据可靠性。

2. 群体遗传结构分析：基于质控后标记，通过主成分分析（PCA）、群体遗传结构分析、亲缘关系与聚类分析，明确群体遗传分化程度，排除遗传混杂个体，确保对比组遗传背景一致性。

3. 遗传多样性评估：计算观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）、有效群体大小（Ne）、近交系数（FROH）、遗传距离（IBS）等核心指标，量化群体遗传多样性水平，为保种风险诊断与选育策略制定提供数据支撑。